Gracz wciela się w postać Linka – młodego chłopca, którego zadaniem jest ocalenie krainy Hyrule przed złym Gandorfem – Królem Złodziei. Zamierza on przejąć władzę nie tylko w krainie Hyrule, ale także zapanować nad czasem, wprowadzając chaos oraz siejąc zniszczenie i tylko Link jest w stanie udaremnić jego okrutny plan! Dlatego właśnie główny bohater przenosi się w czasie i rozpoczyna pełną niebezpieczeństw wyprawę, podczas której odwiedzi mistyczne świątynie, ciemne podziemia, a także niezliczoną ilość miast i wsi, raz po raz stając do walki z groźnymi przeciwnikami – a to wszystko w 3D!
Zmieniony został także sposób sterowania grą, który w pełni wykorzystuje nowe funkcje konsoli Nintendo 3DS. Gracz steruje ruchami głównego bohatera przy pomocy Padu Kołowego, natomiast Ekran Dotykowy wykorzystywany jest do zarządzania przedmiotami, obsługi mapy oraz elementów ekwipunku Linka. Wszystkie te czynności wykonywane są w prosty i intuicyjny sposób, co sprawia że gra staje się czystą przyjemnością.
Ulepszony i prosty w obsłudze interfejs gry to także gwarancja doskonałej zabawy. Nigdy wcześniej rozwiązywanie łamigłówek, podróżowanie w czasie oraz przestrzeni nie było tak łatwe. Dla graczy, którzy nigdy wcześniej nie zetknęli się z grami serii The Legend of Zelda przygotowane zostały specjalne filmy instruktarzowe, które znacznie ułatwią ich pierwsze kroki w świecie Linka.
Dla wiernych fanów oryginalnej wersji gry The Legend of Zelda: Ocarina ofTimeprzygotowano dwa zupełnie nowe tryby: Master Quest oraz Boss Challenge.
Tryb Master Quest wprowadza kilka zaskakujących zmian. Zagadki oraz łamigłówki przygotowane zostały tak, by sposób ich rozwiązania wymagał od graczy kreatywności i zupełnie nowego sposobu myślenia. Zmienione zostały także inne elementy gry, jak np. miejsca pojawiania się przeciwników, a cała rozgrywka toczy się w świecie, który jest odbiciem lustrzanym krainy Hyrule, tak więc to co do tej pory było po prawej, teraz znajduje się po lewej stronie. Przeciwnicy w trybie Master Quest są znacznie silniejsi i posiadają więcej umiejętności, tak więc ich pokonanie będzie prawdziwym wyzwaniem nawet dla najbardziej doświadczonych graczy.
Tryb Boss Challenge dodaje kolejny dreszczyk emocji, stwarzając możliwość walki z pokonanymi wcześniej przeciwnikami w pasjonujących pojedynkach jeden na jednego.