TALES OF XILLIA 2 przedstawia losy dwóch nowych bohaterów: Ludgera Kresnicka i Elle Marty rok po wydarzeniach z pierwszej części gry. Osią fabuły jest ich przepięknie animowana, pełna przygód i niezwykle dramatycznych wydarzeń epicka wyprawa w poszukiwaniu krainy Caanan.
TALES OF XILLIA 2 opiera fabułę o możliwość dokonywania wyborów, które są bardzo mocno wyeksponowane w mechanice gry. Podczas podróży Ludgera gracz będzie mógł decydować jak zareagować na rożne sytuacje i na spotkane postacie. Zakończenie gry zależeć będzie od dokonanych wyborów w grze!