Film "Służby specjalne" to oparta na dwuletniej dokumentacji realistyczna historia, odsłaniająca kulisy życia i pracy oficerów polskich tajnych służb. Filmowa historia rozpoczyna się, gdy dochodzi do likwidacji elitarnych Wojskowych Służb Informacyjnych, które w opinii komisji są organizacją przestępczą. "Służby specjalne" pokazują konsekwencje tej decyzji. Na ulicę wyrzucają fachowców, którzy posiadają bardzo niebezpieczną wiedzę. Część z nich odnajduje się w świecie biznesu. Film opowiada o tych, którzy nie znaleźli pracy w cywilu. Gdy politycy orientują się, że likwidując Wojskowe Służby Informacyjne, pozbawiono Polskę oczu i uszu, jeden z byłych szefów W.S.I. dostaje zadanie zwerbowania oficerów do nowych służb, które mają powstać. Do jednej sekcji trafiają kapitan Janusz Cerat i pułkownik Marian Bońka z byłych W.S.I. oraz wyrzucona z ABW podporucznik Aleksandra Lach, pseudonim "Białko". Pracując przy aferach z pierwszych stron gazet, każdy z oficerów będzie musiał zmierzyć się z demonem swojej przeszłości. Pewnego dnia odkryją, że tak naprawdę nie wiedzą, dla kogo w pracują i w jakim celu.