Placówka dziedziczy zbiory i tradycje Muzeum Miejskiego chroniącego głównie obrazy (w tym tryptyk Memlinga), rysunki i ryciny oraz Muzeum Rzemiosł Artystycznych kolekcjonującego przede wszystkim meble, fajanse i wyroby z metali kolorowych.
Niezwykle cenne są także darowizny i legaty średniowiecznej rzeźby gdańskiej i pomorskiej.