„Iron Sky: Invasion” to przede wszystkim symulator myśliwca kosmicznego, nawiązujący do klasycznych gier z tego gatunku, ale dodający też od siebie elementy gier strategicznych oraz RPG. Krótko mówiąc, rozgrywka oparta jest na pojedynkach myśliwców w przestrzeni kosmicznej połączonych ze szturmem na olbrzymie statki kosmiczne (takie jak Zeppeliny), której uzupełnieniem jest konieczność podejmowania taktycznych decyzji przez gracza oraz możliwość zarządzania surowcami.
Akcja gry umiejscowiona jest w przestrzeni kosmicznej pomiędzy Ziemią a Księżycem, a zadaniem gracza jest obrona Niebieskiej Planety przed inwazją nazistów z Księżyca. W tym celu kieruje on statkiem kosmicznym, którym może swobodnie poruszać się po przestrzeni kosmicznej i atakować pojazdy wroga. Do jego dyspozycji oddano rozmaite uzbrojenie oraz wyposażenie, począwszy od działek laserowych i rakiet, poprzez inteligentne drony oraz satelity, które mogą zostać wystrzelone z niektórych statków, kończąc na urządzeniach chroniących statek przed ogniem przeciwnika.
Gracz cały czas ma dostęp do taktycznej mapy przestrzeni kosmicznej, skąd może zobaczyć pozycje flot przeciwnika oraz toczące się bitwy. To do niego należy decyzja, gdzie najkorzystniej będzie mu walczyć z siłami wroga. Celem gry jest zniszczenie sekretnej bazy nazistów, ukrytej po Ciemnej Stronie Księżyca, i równoczesna obrona Ziemi przed siłami agresora.
Wzorując się na kultowym filmie, „Iron Sky: Invasion” ma również tło polityczne: rządy różnych narodów zlecają graczowi misje, które może, ale nie musi przyjąć i wykonać. Tu także decyzja należy do niego, choć oczywiście wykonanie odpowiednich zadań da graczowi dostęp do specjalnego wyposażenia czy nawet nowych statków, które w inny sposób nie byłyby dostępne.
Gracz może zadokować w sojuszniczej stacji kosmicznej, by uzupełnić amunicję, zakupić ulepszenia czy zmienić statek na inny. Prawie wszystkie statki kosmiczne, które pojawiły się w filmie (nie licząc największych) mogą być kontrolowane przez gracza, włączając w to południowokoreański statek zwiadowczy „Zerg”, australijski bombowiec „Dundee” czy angielski „Spitfire”. Dostępność części statków zależeć będzie od wykonanych misji.
Dodatkowo podsystemy statków mogą zostać ulepszone w hangarze. Przykładowo, ulepszając systemy ofensywne zwiększymy ilość uzbrojenia przenoszonego przez statek oraz wzmocnimy ich siłę, podczas gdy usprawnienie silników zwiększy prędkość statku oraz jego zasięg operacyjny. Ulepszenia wymagają specjalnych surowców, które można uzyskać ze zniszczonych statków bądź znaleźć je w przestrzeni.