Trzecia seria rozpoczyna się od następstw dramatycznego ataku terrorystycznego, w którym życie straciło wielu pracowników amerykańskiego aparatu wywiadowczego. To również początek polowania na najbardziej poszukiwanego terrorystę świata – Nicka Brody’ego (Damian Lewis "Kompania Braci"). Carrie (Claire Danes "Romeo i Julia") i Saul (Mandy Patinkin "Szpital dobrej nadziei") próbują pozbierać się po ostatnich wydarzeniach, jednak polityczno–medialna burza wytworzona wokół ataku terrorystycznego oraz późniejszego ścigania Brody’ego znacznie im to utrudnia.